посмотреть очередь на полюсе

bjobs

отменить
bkill <N>

посмотреть очередь на бгене

llq -u edu-cmc-skmodel19-620-11 //поменять на свой логин!
или llq
для всех пользователей

отменить - llcancel <N>

очистка директории сборки

rm -rf ~/task2assembly

перекачка сорсов

scp -r supercomp edu-cmc-skmodel19-620-11@polus.hpc.cs.msu.ru:~/task2assembly

scp -r supercomp edu-cmc-skmodel19-620-11@bluegene.hpc.cs.msu.ru:~/task2assembly

сборка на полюсе

без OpenMP

/usr/local/openmpi/bin/mpicc -w -O2 -std=c++11 -o ~/playground2/task2mpi.exe -I ~/boost_install/include -I ~/task2assembly -I /usr/local/include/mpi.h ~/task2assembly/*.cpp \
-L /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/boost_install/lib \
-lm -lstdc++ -lboost_system -lboost_chrono -lboost_filesystem -lboost_timer

с OpenMP

/usr/local/openmpi/bin/mpicc -w -O2 -std=c++11 -openmp -o ~/playground2_omp/task2mpi.exe -I ~/boost_install/include -I ~/task2assembly_omp -I /usr/local/include/mpi.h ~/task2assembly_omp/*.cpp \
-L /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/boost_install/lib \
-lm -lstdc++ -lboost_system -lboost_chrono -lboost_filesystem -lboost_timer

на полюсе запускается через:

bsub < cmd32_128_1

cmd<число ядер>_<разрешение решетки>_<размер куба>

т.е. передать файл с конфигом джобы в bsub

конфиги джобов лежат в хоум директории

что примерно внутри конфигов:

source /polusfs/setenv/setup.SMPI
source /polusfs/setenv/setup.OpenMPI
#BSUB -n 32 -q normal
#BSUB -oo /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/32_128_1.out
#BSUB -eo /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/32_128_1.err
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/boost_install/lib
mpiexec /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/playground2/task2mpi.exe 128 1 20

ИЛИ (для опенмп, работает, но в отчет не вошло)

source /polusfs/setenv/setup.SMPI
source /polusfs/setenv/setup.OpenMPI
#BSUB -n 32 -q normal
#BSUB -oo /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/32_128_1_omp.out
#BSUB -eo /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/32_128_1_omp.err
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/boost_install/lib
OMP_NUM_THREADS=8
mpiexec /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/playground2_omp/task2mpi.exe 128 1 20

BLUE GENE:

с опенмп:

mpicxx -w -O2 -o ~/task2mpi.exe -I ~/boost_install/include -I ~/task2assembly \
-I/bgsys/drivers/V1R4M2_200_2010-100508P/ppc/comm/default/include \
~/task2assembly/*.cpp \
-L /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/boost_install/lib \
-lm -lstdc++ -lrt -lboost_system -lboost_filesystem -lboost_timer -lboost_chrono

без:

mpicxx -w -O2 -openmp -std=c++11 -o ~/task2mpi_omp.exe -I ~/boost_install/include -I ~/task2assembly_omp \
-I/bgsys/drivers/V1R4M2_200_2010-100508P/ppc/comm/default/include \
~/task2assembly_omp/*.cpp \
-L /home_edu/edu-cmc-skmodel19-620/edu-cmc-skmodel19-620-11/boost_install/lib \
-lm -lstdc++ -lrt -lboost_system -lboost_filesystem -lboost_timer -lboost_chrono

закверять:

во всех сочетаниях.

Обрати внимание, джобы на 256 процов кверяются только с клчючом по времени на 10 минут.
На 128 автоматом кверяются на 15 минут

для опенмп:

mpisubmit.bg -n 256 -e "OMP_NUM_THREADS=2" -w 00:10:00 task2mpi_omp.exe -- 512 1 20
mpisubmit.bg -n 256 -e "OMP_NUM_THREADS=2" -w 00:10:00 task2mpi_omp.exe -- 1024 3.14 20

без опенмп:

mpisubmit.bg -n 256 -w 00:10:00 task2mpi.exe -- 512 3.14 20

статы дампятся везде в папку дамп, и в файлы, вываленные через стдаут
омпшные сорсы кидать в папку task2assembly_omp

обрати внимание на длинные дефисы в вк. Никсовую консоль охуительно взрывает от них

boost, кстати, тебе придется мб самой туда перекидывать
~/boost_install путь до буста, выходит

там на полюсе mpicc, кстати, потому что плюсовый компилятор корректно не работал, но почему-то сишному можно было скармливать плюсовый код